La serie presenta a los personajes tradicionales de los X-Men, algunos de ellos rediseñados con edades más jóvenes, en un inicio se presenta a la agrupación conformada por El Profesor X, Jean, Ciclope, Tormenta y Wolverine, para después írseles sumando más a las filas. Las batallas se desarrollan en un principio por los nuevos reclutas mutantes con La Hermandad, quien es dirigida por Mystique bajo las órdenes de Magneto....