Después de haber encontrado un remedio contra el virus, batidas diversas milicias de mala fama y restaurado el gobierno americano, la tripulación empezará la tercera temporada con una nueva misión. Ya es hora de poner al imperio americano en la cumbre del sistema alimentario. El U.S.S. Nathan James se dirige a China para socorrer a un pueblo vejado por la dictadura local cuando algunos de los miembros de la tripulación son hechos prisioneros. Mientras que una posible mutación del virus aparece en Japón, el reloj corre en contra de los protagonistas si desean salvarlos a todos.