Con la llegada de la manada de Alfas a la ciudad y tras descubrir que éstos han asesinado a Erica y Boyd, Scott y sus amigos deben hacer frente a una ola de asesinatos y sacrificios. Mientras tanto, Deucalion el líder de la manada de Alfas está decidido a corromper a Scott y evitar que se convierta en un Alfa verdadero para que se una a su manada. Tras descubrir que el asesino es un druida oscuro conocido como Darach, Jennifer Blake, la nueva profesora e interés amoroso de Derek se revela como tal y descubre su plan de venganza contra Deucalion por haberla asesinado y revela que Lydia es una banshee. Allison, Scott y Stiles deben hacer un ritual que pone en riesgo su vida para evitar que sus padres sean sacrificados. Nuevas especies como el Kitsune y los hombres-coyote son introducidas, mientras los chicos deben luchar contra los efectos del ritual mientras un espíritu oscuro conocido como el Nogitsune es liberado y posee a Stiles. Scott y sus amigos se concentran en salvar a Stiles pero un enfrentamiento con el Nogitsune provoca bajas importantes entre la manada de Scott.