Todo comienza cuando Yoshi encuentra a cuatro pequeñas tortugas en las alcantarillas, las cuales habían sido lanzadas por un niño accidentalmente, esta tortugas estaban cubiertas de una extraña sustancia brillante, la cual resultaría ser un químico mutageno que las convertiría en tortugas antropomórficas, estas serán llamadas: Leonardo, Donatello, Raphael y Michelangelo....